Născut într-o familie de boieri înstăriți; tatăl - Petrache Negre, agă iar mama - Smaranda (născută Donici), fiica lui Miron Donici, pârcălab de Soroca, bunicul, după mamă, al lui Alecu Russo. A mai avut încă 5 surori: Catinca, Elena, Maria (Evghenia, după intrarea în cinul monahal) și Zulnia, surori după tatăl Petrache și Ecaterina-Cocuța, rezultată din căsătoria mamei sale cu Costache Conachi. Judecând după descrierea făcută de Radu Rosetti, Costache Negri „era unul din bărbații cei mai frumoși ai țării. De o statură de urieș, avea corpul unui Hercule și un cap de o rară și bărbătească frumuseță. Părul îi era negru, bogat și ondulat, fruntea puternică, ochi mari, negri, luminoși, vii, dar de nespusă blândeță, cu o expresiune de mare bunătate, sprâncene negre, lungi și bine hrănite, un nas puțin încovoiat și o gură frumoasă cu buze rumene și pline: purta barba întreagă, lungă și lată. Înfățoșarea lui era impunătoare, dar te simțeai atras spre el prin impresiunea de blândeță și de bunătate ce o făcea de la primul aspect”. Ca un corolar al unor astfel de calități fizice moștenite de la mama dar și de la tatăl său - el însuși bărbat chipeș și atrăgător - la care se adăuga o educație aleasă primită încă din copilărie, Costache Negri se va dezvolta și se va impune în societatea din vremea lui ca un om înzestrat cu o mare prestanță personală și cu un caracter de o rară conduită morală. Toate acestea vor constitui premisele unei vieți în care el, conștient, pe deasupra, de ascendența sa, va căuta totdeauna, și în mod deliberat, să sporească prin fapte ceea ce natura îi oferise cu atâta dărnicie prin naștere. Familia Negre era descendentă din Mavrodi Apostol ușierul, stabilit în Moldova pe timpul lui Vasile Lupu. Referitor la originea grecească a familiei Negri (pe care, de altfel, Pericle Martinescu o contestă!) și Constantin Gane ne aduce la cunoștință „din punct de vedere genealogic un fapt, nu nou, dar îndeobște puțin cunoscut, anume acel al descendenții în linie bărbătească directă a marelui patriot român Costachi Negri, din Apostol Mavrodi, ușierul din secolul al XVII-lea, familiile astăzi curat românești ale neamurilor Mavrodin, Apostol și Negri fiind toate din una și aceeași origine…grecească (Nomenclatura onomastica e și mai bogată, numele de Mavros și derivatele sale constituind de fapt poreclă. Mavros însemnând „negru”, Mavrodi sau Mavrudi (cu accentul tonic pe-ultima silaba) înseamnă „Cel negru”, „oacheșul”)! Drept dovadă de puterea de asimilare a neamului nostru”. A copilărit la Iași, unde locuia în „casele Luca” rămase de la străbunici, iar vara pe la moșiile părintești din Moldova de jos, și cu deosebire la Mânjina (devenită ulterior Costache Negri), de care se atașase cel mai mult (și pe care a moștenit-o la moartea tatălui său în 1823, de ciumă). Copilăria lui s-a desfășurat în deceniul imediat premergător Răscoalei de la 1821, deci într-o perioadă când numeroase idei de natură să pregătească spiritele în sensul unor transformări radicale, pătrunseseră și în Țările Române, unde elemente mai luminate ale boierimii luau contact cu ele pe diverse căi, încercând să se adapteze curentului înnoitor al epocii. Într-o vreme când instrucția intelectuală a fetelor, chiar în familiile boierești, se limita la simpla alfabetizare, cele patru fiice ale lui Petrache Negre învățaseră, fiecare la timpul ei, să scrie și să citească nu numai în limba română, dar și în cea franceză, cu ajutorul unui preceptor francez, angajat anume în familia Negre; în schimb, fetele n-au fost puse să studieze greaca, pe care o cunoșteau „la nivel minimal. Costache însă, ca băiat, a făcut și studii cu un „didascalos” grec, însușindu-și primele noțiuni de artă și literatură, de matematică, istorie și geografie, ce aveau să constituie fundamentul culturii lui generale de mai târziu. Astfel, educația școlară și-a început-o în casa părintească, tatăl său, Petrache Negre, a fost primul îndrumător, era un bun „geometru” și cunoștea și limba franceză. În cei doi ani petrecuți la Chișinău (1821-1823), a fost înscris la „pensionul pentru fiii de nobili“ de pe lângă Seminarul teologic. Își va continua studiile la curtea domnitorului Ioniță Sandu Sturdza, a cărui soție era mătușa mamei lui, unde înainte de 8 februarie 1824 îl are ca „maître de langues” pe Johann Baptist Gall.[9] Din toamna anului 1827, începe să frecventeze pensionul din Iași, al dascălului Etienne Marius Mouton sau Victor Cuénin. La sfârșitul anului 1828, începutul anului următor, Costache Negri pleacă la Odesa, unde este înscris la pensionul lui Louis Repey. Aici Costache Negri adoptă pentru prima dată în mod convențional forma Negri (Negry), printr-o simplă adaptare la ortografia franceză a moldovenescului Negre. În anul 1832 pleacă la studii în străinătate, la Viena, la pensionul Furlani.[14] În 1834, este trimis la studii în Franța, Italia și Germania, dar tânărul peregrinează prin Europa câțiva ani (1832– 1837).
